I. Колекції рукописних книг (Інститут рукопису НБУВ):

• фонд І – Літературні матеріали;
• фонд 30 – Колекція рукописних книг ІР;
• фонд 72 – колекція грецьких рукописів;
• фонд 74 – колекція східних рукописів;
• фонд 177 – колекція нотних рукописів;
• фонд 229 – колекція Києво-Печерської іконописної школи;
• фонд 302 – збірка рукописних книг митрополита Макарія (Булгакова).

ІІ. Колекції стародруків та рідкісних видань, утворені в НБУВ:

• інкунабул;
• палеотипів;
• альдин;
• плантенів;
• етьєнів;
• ельзевірів;
• видань Дідо;
• стародруків, надрукованих латинським шрифтом;
• стародруків, надрукованих кириличним шрифтом;
• стародруків, надрукованих гражданським шрифтом;
• рідкісних видань.

ІІІ. Бібліотечні зібрання та історичні колекції:

А. Бібліотечні зібрання історичних установ:

• Колегії Павла Галагана;
• Першої Київської гімназії.

Фундаментальної бібліотеки Київського університету св. Володимира з її складовими:

• «Роки» (1836–1895);
• «Відділи I–XV»;
• «Нова колекція» б-ки Волинського ліцею;
• Бібліотека польського короля Станіслава Августа Понятовського;
• Родова бібліотека польських магнатів Яблоновських;
• Родова бібліотека шляхтичів Мікошевських;
• Бібліотека Фридеріка Юзефа Мошинського;
• Бібліотека Віленської медико-хірургічної Академії;
• Родова бібліотека графів Й. і А. Хрептовичів;
• Бібліотека київського генерал-губернатора Д. Г. Бібікова;
• Бібліотека Миколи Христиновича Бунге;
• Бібліотека Олександра Матвійовича Лазаревського;
• Бібліотека Миколи Івановича Костомарова.

Б. Бібліотеки монастирів:

• Києво-Софійського кафедрального собору;
• Києво-Печерської лаври;
• Київського Золотоверхого Михайлівського монастиря;
• Києво-Видубицького монастиря;
• Київського Братського монастиря;
• Київського Пустинно-Микільського монастиря.

В. Бібліотеки духовних навчальних закладів:

• Київської духовної академії;

Г. Родові бібліотеки:

• Баронів Шодуарів;
• Урбановських та Стажинських («Загінецька бібліотека»);
• Вишневецького замку князів Вишневецьких – графів Мнішеків.

Д. Особові бібліотеки:

• Варвари Миколаївни Ханенко;
• Ієремії Яковича Айзенштока;
• Агатангела Юхимовича Кримського;
• Бориса Дмитровича Грінченка;
• Івана Олексійовича Сікорського;
• Сергія Івановича Маслова;
• Павла Миколайовича Попова;
• Едуарда Фальц-Фейна;
• Володимира Оскаровича Вітта.
• Олександра Васильовича Кочубея.

Е. Зібрання інших видів видань:

• Українські газети 1818–1922 рр.;
• Російські газети 1732–1916 рр.
• Поштові листівки кінця ХІХ – початку ХХІ ст.;
• Лубок (народна картинка) XVIII–ХХ ст.;
• Український плакат ХХ ст.;
• Нотне зібрання Розумовських;
• Колекція мідних гравірувальних дощок українських друкарень XVII–XIX століть.