10 травня 2016 року у Бібліотеці сталася надзвичайна і прикра подія. Викрадено рідкісну книжкову пам’ятку­­­­­­­­ – примірник «Апостола», виданого українським друкарем Іваном Федоровим під час його перебування у Москві  1564 року.

Нині є очевидним, що викрадення стало результатом реалізації ретельно спланованого злочинцями плану. Його безпосередній виконавець з’явився до Бібліотеки під виглядом співробітника одного з правоохоронних органів і пред’явив сфальсифіковані документи стосовно повноважень здійснити оперативну перевірку стану збереження пам’яток книжкової культури, що становлять національне надбання, чим ввів в оману персонал НБУВ.

Під час перегляду наданих йому для звірки видань він нез’ясованим чином зумів заховати, а потім винести примірник  «Апостола».

Зазначені події здобули широке висвітлення в українських друкованих і електронних ЗМІ, хоча чимало оприлюднених ними фактів перекручені або зовсім не відповідають дійсності.

Зокрема, по-перше, йдеться про московське видання 1564 року, а не про значно більш досконалий «Львівський апостол», надрукований Іваном Федоровим у 1574 році. По-друге, викрадений примірник не має жодного відношення до колекції з резиденції у Межигір’ї, книги з якої ніколи до фондів НБУВ не передавалися. Втрачена книга походить зі збірки В.О. Вітта, придбаної у його нащадків для Бібліотеки у 1965 році.

Детальний опис цього примірника «Апостола» міститься у каталозі:

Бондар Н. П. Видання Івана Федорова та Петра Мстиславця з фондів Національної бібліотеки України імені В.І. Вернадського : дослідження, попримірниковий опис / Н. П. Бондар. - К. , 2012. - 312 с. : іл.

За фактом викрадення відкрито кримінальне провадження. НБУВ надає допомогу у розслідуванні злочину.

Відповідно до рішення  Бюро Президії НАН України у НБУВ здійснюються заходи з удосконалення охорони і збереження фондів Бібліотеки. Вони передбачають, зокрема, посилення контрольно-пропускного режиму, обліку видачі і прийому документів, тимчасове обмеження кіно- і фотозйомок у приміщеннях Бібліотеки.